听信宠妾谗言，杀了妻子张氏和岳母，他的妻叔因此向朝廷告发杨应龙谋反。
当时四川巡抚就是李化龙，李化龙知道杨家的情况，因为这点事情就去争讨杨家并不符合朝廷的利益，更何况当时松潘还在打仗，杨家还有几万兵在前线，杨家的实力太强，把对方逼反对朝廷来说得不偿失，所以李化龙一力帮杨应龙说话，将此事压下。
几年之后叠茂的战打完，杨应龙赴渝受审，答应向朝廷捐献钱财和派兵换取自己无罪。杨应龙为此献金赎罪，并为此带兵去朝鲜打倭寇。这表现已经够老实的了，可转过年来继任的四川巡抚突然又坚持严审，大兵扣关，再次逼迫杨应龙削去官职，将土司之位交给大儿子，并要求缴纳大笔赎金，并在赎金交完之前将杨应龙的儿子杨可栋押在重庆作为人质。
杨应龙又答应了。
几个月之后杨可栋却莫名其妙死在重庆，杨应龙去讨要儿子尸首，四川官员却表示钱没交完尸首就不能还。杨应龙大怒，干脆起兵反明。
四川官员的这一通操作明摆着是要削杨应龙的权力，起初杨应龙也配合了，但四川官员的操作太过于粗糙，特别是弄死杨可栋还扣着尸体不还的态度，让杨应龙感觉自己如果不造反只会一步一步被逼死。
或许逼反杨应龙也是某些四川官员的盘算，但他们万万想不到杨家土司兵的战斗力有多强，把杨应龙逼反之后云贵川的官军根本就不是对方的对手，还得李化龙从朝鲜带着老卒回来救火。
李化龙之前就觉得朝廷对于这些土司的处置方式十分不精明，但又说不出原因，直到看了《农业、地理与钢铁》之中提出的“社会文化由社会生产方式决定”的描述，他突然明悟了。